紀(jì)念館共收藏國家珍貴文物6000余件，其中一級(jí)文物300余件，藏品的來源包括出土挖掘、民間征集、社會(huì)捐贈(zèng)等。 館藏文物中最具代表性的藏品有：中山碼頭集體屠殺遺址出土的南京大屠殺遇難者遺物，美國牧師約翰·馬吉拍攝南京大屠殺暴行時(shí)使用的攝像機(jī)及膠片，南京國防部審判日本戰(zhàn)犯軍事法庭庭長石美瑜保存的戰(zhàn)犯谷壽夫、向井敏明等人的死刑判決書底稿，中國遠(yuǎn)征軍抗戰(zhàn)老兵梅樹淇1942年的戰(zhàn)地日記，以及分館南京利濟(jì)巷慰安所舊址陳列館中陳列的南京福安里慰安所舊址發(fā)現(xiàn)的日軍對(duì)“慰安婦”使用的婦科檢查用具等。
